Berita Nasional Terpercaya

Aplikasi Bioinformatika Memudahkan Pemahaman Informasi Biologis

0

Bernas.id – Perkembangan teknologi informasi telah membuat sesuatu yang rumit menjadi mudah, masalah yang kompleks menjadi sederhana. Demikian pula dalam bidang ilmu kedokteran yang sebelumnya rumit dan sulit bisa menjadi mudah dan sederhana dengan menggunakan teknologi informasi, seperti aplikasi bioinformatika. Msalnya, akibat mem-booming-nya teknologi NGS dipastikan perolehan data sekuen DNA begitu besar sehingga dibutuhkan aplikasi atau software untuk melakukan pengolahan big data tersebut menjadi sebuah informasi pengetahuan baru menggunakan teknologi bioinformatika.

“Secara sederhana bioinformatika didefinisikan sebagai penerapan ilmu komputer dan teknik informatika dalam bidang biologi. Dewasa ini, bioinformatika diketahui secara umum sebagai sebuah aplikasi atau algoritma yang digunakan untuk menginterpretasikan data-data biologis yang kompleks menjadi informasi biologis yang mudah dipahami,” kata Ketua Prodi Teknik Informatika Program Magister FTI UII Izzati Muhimmah ST MSc PhD dalam rilis yang dikirim ke redaksi bernas.id, Sabtu (15/9/2018).

Menurut Izzati Muhimah, bioinformatika termasuk ke dalam ilmu yang baru berkembang akibat adanya “ledakan” data biologis yang sangat besar karena perkembangan NGS yang pesat. Ilmu ini merangkum berbagai disiplin ilmu lain seperti ilmu komputer dan teknik informatika, matematika dan statistika, biologi molekuler, fisik dan ilmu kedokteran yang saling menunjang dan bermanfaat satu sama lain.

Bioinformatika dimaksudkan untuk menciptakan manajemen data yang lebih baik dalam proses pengungkapan kekayaan informasi biologis yang tersembunyi dalam data melimpah. Selain itu, untuk memperoleh informasi pengetahuan yang lebih jelas mengenai biologi fundamental suatu organisme. Untuk saat ini, menurut Izzati Muhimah, bioinformatika terbatas pada analisis urutan, struktural dan fungsional gen dan genom dan produk yang sesuai serta sering kali disebut biologi komputasi. Padahal, biologi komputasi mencakup semua area biologis yang melibatkan komputasi, seperti pemodelan matematika dari ekosistem, dinamika populasi, penerapan teori dalam studi perilaku.

Data biologis yang diperoleh dari bidang studi genomics, transcriptomic, proteomics dan sebagainya membutuhkan “jembatan” untuk menjadi sebuah informasi bermakna. Salah satu contoh aplikasi bioinformatika dalam bidang pemuliaan adalah dengan mengembangkan marka DNA untuk seleksi individu suatu organisme hasil pemuliaan menggunakan analisis komparatif genomik (comparative genom analysis).

Sebagai contoh, kata Izzati, analisis in silico komparatif A thaliana dan H brasiliensis telah berhasil mengidentifikasi beberapa famili gen penting seperti protease inhibitor (disinyalir sebagai protein pertahanan) dan famili gen cobra yang berperan dalam regulasi pemulihan kulit batang karet setelah disadap. Analisis komparatif genom membutuhkan tiga unsur utama untuk dapat berjalan dengan baik.

Pertama, sekuen DNA genom yang dapat diperoleh dan diunduh dari tiga basis data utama dunia yaitu NCBI (National Center for Biotechnology Information- www.ncbi.nlm.nih.gov), European Nucleotide Archive (www.ebi.ac.uk/ena) dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan- www.ddbj.nig.ac.jp).

Kedua, software-software atau platform bioinformatika seperti Geneoius, BLAST, Southgreen Galaxy, Multiple alignment, MEGA 7.0 dan sebagainya. Dan ketiga, hasil yang diperoleh dari pengolahan data tersebut berupa pohon filogenetik, data sekuen alignmnet, motif dan domain famili gen. “Bila ketiga unsur utama tersebut telah diperoleh, maka artikel ilmiah dengan penerapan bioinformatika dapat dipublikasikan di jurnal nasional terakreditasi maupun prosiding internasional,” kata Izzati Muhimah yang didampingi Peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi dan Bioindustri Indonesia di Bogor Irfan Martiansyah MSi. (*/lip)

 

Leave A Reply

Your email address will not be published.